В июне 1989 г. в Ферганской области произошли кровавые события, чёрным пятном отпечатавшиеся на истории СССР. Началось всё ещё в мае, когда в городе Кувасай вспыхнул конфликт между узбеками и турками-месхетинцами, вскоре охвативший целый ряд городов Ферганской области. Стычки переросли в погромы и поджоги домов турок-месхетинцев. В результате трагедии погибли 103 человека.
Турки-месхетинцы подверглись депортации, как и крымские татары. В ноябре 1944 г. они были депортированы из родной Месхетии (Грузия) по обвинению «в пособничестве врагам, занятиях контрабандой и служению для турецких разведывательных органов». После кровавых событий 1989 г. турки-месхетинцы массово покинули и Узбекистан.
Поводом для конфликта, по официальной версии, послужила бытовая ссора на рынке, которая скоро переросла в кровавые столкновения. Толпы узбеков прорывались в кварталы, населённые турками-месхетинцами и устраивали погромы. Это сопровождалось избиениями и поджогами домов и даже убийствами. Погромы охватили Кувасай, Ташлак, Комсомольское, Маргилан, Фергану, Коканд. 4 июня 1989 г. был принят указ Президиума ВС УзССР о введении комендантского часа в этих районах. Тысячи людей, в том числе и семьи крымских татар, стали беженцами. К 18 июня авиацией было вывезено более 16 тыс. турок-месхетинцев, к сентябрю из Узбекистана выехало более 50 тыс. чел., а к началу 1991 г. – более 90 тыс.